污染源在线监测的难点主要包括以下几个方面：
一、监督管理体系的认知与体验问题
认知盲区：污染源在线监测工作在排污单位中往往被视为环境管理部门监督企业排放的工具，而非助力企业生产经营、设施运转、节能降耗的手段。这种认识导致排污单位对污染源在线监测工作的体验感差，形成被动式、应付式的工作态度，为污染源在线监测数据应用埋下隐患。
责任主体转变：从管理部门负责设备安装调试、运行及数据有效性审核，到责任主体瞬间转变为排污单位，且对数据的准确性和真实性负责，这种硬着陆式的转变使得排污单位难以适应，并可能因缺乏相关经验和能力而出现问题。
二、技术规范与管理体系的复杂性
技术规范复杂且单一：现有的技术规范描述宽泛，不同人员理解差异大，且仅涵盖废水和废气两个方面，对于自动监测设备方法和原理的多元化，很多场合无技术规范可以参考。
管理体系不健全：环境管理部门内污染源自动监测工作尚未形成完善的管理体系和机制，多部门参与且互不沟通，导致相关工作碎片化严重。此外，管理文件的泛滥和教条式的监管也制约了相关工作的创新和发展。
三、数据真实性与准确性的保障问题
数据真实性：电子数据容易生成，也容易被篡改，因此作为证据必须保证其真实性。然而，在实际操作中，由于监测设备维护的专业化需求高、第三方运营公司门槛低、运营公司和排污企业利益关系复杂等因素，可能导致数据真实性难以保障。
数据准确性：污染源自动监测数据的准确性不仅受技术规范的影响，还受设备性能、运行环境、维护状况等多种因素的影响。因此，需要建立健全的污染源自动监测数据准确性配套机制和措施，确保数据的准确性。
四、建设与运营成本问题
建设投入大：污染源在线监控系统的建设对排污单位来说是一项不经济的行为，需要投入大量资金。因此，在推广过程中，排污企业可能因经济压力而拖延或拒绝安装。
运营模式多样但存问题：目前国家并未规定在线设施运营的具体模式，各地推行的原则和方式差别很大。统一运营、特许经营、市场化运营等模式各有利弊，但都存在一定的问题，如市场化运营中运营公司和排污企业利益关系复杂、第三方运营公司门槛过低等。
五、法律与政策环境的不完善
法律法规不健全：虽然我国已经出台了一系列关于污染源在线监测的法律法规和政策文件，但在实际操作中仍存在一些法律空白和漏洞，使得污染源在线监测工作难以得到全面有效的法律保障。
政策执行不到位：部分地区在政策执行过程中存在敷衍了事、走过场等现象，导致污染源在线监测工作难以取得实质性进展。
综上所述，污染源在线监测的难点涉及监督管理体系、技术规范与管理体系、数据真实性与准确性的保障、建设与运营成本以及法律与政策环境等多个方面。为了克服这些难点，需要政府、企业和社会各界共同努力，加强监管、完善法律法规、提高技术水平、降低运营成本并加强宣传教育。
